Le cause del movimento protestante del XVI secolo sono molteplici e quindi non riconducibili ad un fattore unico. Innanzitutto la personalità del protagonista religioso del movimento: Martin Lutero. Egli non è nè un riformatore religioso-sociale sul modello del nostro Savonarola né un umanista sul modello di Erasmo.Egli è fondamentalmente un monaco agostiniano di stampo medievale a cui interessa il dramma della coscienza religiosa individuale gettata nell'abisso del peccato.
La sofferta esperienza religiosa di Lutero non incide né vuole incidere in modo specifico sul terreno politico e sociale che gli resta fondamentalmente estraneo nella più pura e medioevale tradizione agostiniana: lo Stato non è che un rimedio inadeguato alle effimere contingenze umane.
La sua dottrina della giustificazione per fede parte anche da questi presupposti specifici e particolari; malgrado il suo autore, incide anche sul terreno delle strutture ecclesiastiche , temporali e politico-economiche. La giustificazione per fede è in netta antitesi alla dottrina cattolica della giustificazione per opere. La teologia cattolica non esclude certamente la grazia per fede, ma finisce col privilegiare il "momento" delle opere. Il buon cristiano può conquistarsi uno "sconto" rilevante sulle sue pene purgatoriali attraverso la pratica delle indulgenze. Pagando un certo obolo a "Pietro", cioè alla Curia papale di Roma, il buon cristiano può emendare la sua anima peccatrice. Indubbiamente la pratica "romana" delle indulgenze è uno scandalo dal punto di vista di una corretta impostazione teologica ed etica, ma essa è ancora più inaccettabile e disgustosa in Germania dove addirittura la pratica delle indulgenze diventa un affare per parecchi principi territoriali e per la potente famiglia finanziaria dei Fugger.
La Curia papale concede l'appalto della riscossione delle indulgenze ai Fugger e grosse percentuali vanno anche ai principi tedeschi. Così una rilevante quota della ricchezza prodotta in Germania prende la via di Roma. D'altra parte i beni ecclesiastici, soprattutto il patrimonio fondiario della Chiesa, suscitano nell'opinione pubblica della Germania sentimenti di ostilità nei confronti della Santa Sede che fa confluire tutto il ricavato delle rendite ecclesiastiche germaniche a Roma. Il Rinascimento italiano e poi europeo introduce anche in Germania i germi di una critica religiosa ed ecclesiastica.Anche in Germania si fa ogni giorno più pressante l'esigenza di una riforma morale del clero, si ricercano con sempre maggiore interesse le fonti originarie della Bibbia, la filologia umanistica insegna ai tedeschi ad avvicinarsi ai testi evangelici con la mente sgombra da pregiudizi e da dogmi.
I fermenti religiosi ed ereticali del '300 e del '400 spingono la riforma del clero e delle strutture ecclesiastiche sul terreno di una critica politica e sociale sempre più agguerrita e penetrante.
L'esclusione dei principi territoriali tedeschi dai benefici e dalle rendite dei beni ecclesiastici accresce da anni il malcontento delle nobiltà che non nasconde ormai le sue mire su questo ingente patrimonio fondiario.
Non meno interessati alla ricomposizione proprietaria del latifondo ecclesiastico sono i cavalieri, quella grande massa di piccola nobiltà impoverita alla ricerca frenetica di rendite feudali. I cavalieri, tra l'altro più degli stessi principi territoriali, sono falcidiati dall'inflazione messa in moto soprattutto dal grande afflusso di oro americano e argento austriaco. Essi , quindi , scorgono nelle rendite ecclesiastiche la loro salvezza finanziaria e una solida condizione di partenza per una possibile politica di più avanzata autonomia nazionale. Mai più radicali e combattivi in questo generale sommovimento delle classi sociali sono i contadini tedeschi. Essi, più di tutti, pagano il prezzo della crisi inflazionistica che attraversa l'Europa. Il loro analfabetismo li rende più facile preda della propaganda e della pratica romana delle indulgenze.
Tra essi si sviluppa e si diffonde il verbo anabattista che va al di là della richiesta della ridistribuzione fondiaria dei beni ecclesiastici. Il movimento anabattista dei contadini tedeschi sconvolge alla radice l'assetto proprietario non solo della Chiesa romana, ma anche quello dei principi territoriali. Quella dei contadini anabattisti è una rivoluzione sociale dai contorni religiosi apocalittici e palingenetici. Le richieste sociali degli anabattisti sono di stampo comunistico. A questo punto la critica religiosa e sociale e radicale del movimento anabattista colpisce anche gli interessi commerciali e manifatturieri della borghesia delle città tedesche.
Le tesi di Martin Lutero del 1517 non solo contestano il magistero papale e la tradizione cattolica consolidata, ma chiamano in causa anche i principi territoriali nella lotta antipapale.
Le richieste dei cavalieri urtano contro gli interessi dei principi che non vogliono spartire i beni ecclesiastici con la piccola nobiltà spossessata di feudi e impoverita dall'inflazione. Essi sono sconfitti e ridotti all'impotenza. Contro i contadini anabattisti la reazione dei principi è ancora più dura e feroce.
Essa trova anche l'appoggio di Lutero che non può tollerare lo sconvolgimento dell'ordine sociale e gerarchico .
Il protestantesimo luterano accetta il potere dei principi anche quando sia oppressivo. Inoltre non riesce a organizzare una robusta e consolidata struttura ecclesiastica e politica alternativa alla Chiesa cattolica tale da sostenere il ritorno offensivo della Controriforma cattolica e romana.


Il protestantesimo calvinista riprende la lotta dei luterani contro la Chiesa cattolica e il Papato. Al contrario dei luterani, i calvinisti organizzano una robusta e solida struttura ecclesiastica che si caratterizza anche per il suo alto e intenso contenuto etico-teologico.
L'estremismo calvinista polarizza lo scontro con la Chiesa romana. Il Papato organizza una reazione che è pari all'intensità e all'aggressività dell'attacco riformato calvinista. Il Concilio di Trento non è che un momento e uno strumento operativo di una lunga e profonda riflessione ecclesiastica e "politica". Molteplici sono gli strumenti operativi della Controriforma, l'Inquisizione, l'Indice dei libri proibiti, l'obbedienza assoluta della Compagnia di Gesù, ecc...
Il tribunale dell'Inquisizione, ripreso da un modello spagnolo, ottiene notevoli risultati repressivi; la censura instaurata dall'Indice introduce un soddisfacente controllo ideologico; la Compagnia di Gesù opera sempre meglio al fine di consolidare il potere papale. Ma solo questi fatti non riescono a spiegare un ritorno offensivo della Chiesa cattolica, per certi aspetti, così efficace, profondo e duraturo.
Innanzitutto un buon cristiano nel XVI secolo non scorge differenze tra l'estremismo, il dogmatismo e l'intolleranza del calvinismo e l'apparente staticità metafisica e repressiva della Chiesa cattolica. I due campi, da questo punto di vista, si equivalgono. Una convinta, radicale e determinante adesione alla politica controriformistica , precisatasi nel Concilio Tridentino , proviene dalla Spagna dei re cattolicissimi della "Reconquista", dalla Spagna fanatizzata dalle incessanti crociate contro moriscos e marranos. Ma il cattolicesimo della corona spagnola è tanto sinceramente e fanaticamente convinto quanto inequivocabilmente e chiaramente interessato alla riaffermazione e al consolidamento della Chiesa cattolica: le milizie spagnole sono al servizio della restaurazione romana in Europa, ma sono anche e soprattutto al servizio della politica imperialistica spagnola in Europa, nel Mediterraneo e nelle Americhe. Chiesa ed Impero ancora una volta coincidono. In Italia, tranne la classe dirigente della Serenissima, tutti i gruppi dirigenti degli Stati signorili, asserviti o non asserviti agli Spagnoli, sono legati in qualche modo (dinasticamente, finanziariamente) alla Chiesa romana. D'altra parte la borghesia italiana del Centro-Nord, investiti gli ingenti capitali accumulati nel commercio e nelle manifatture, nell'acquisto di un rilevante patrimonio fondiario e immobiliare o addirittura monumentale, diviene sempre più conservatrice e reazionaria: essa rende sempre più pesante la sua oppressione nei confronti del contadiname che sente sempre più ostile. A questo punto la politica controriformistica, con la sua carica teologica tradizionalistica, dà man forte ai principi italiani ormai sempre più stretti al Papato e alla Spagna. Accanto agli aspetti reattivi e repressivi della Controriforma vanno posti anche gli aspetti riformatori. Il Concilio di Trento recepisce, in parte, anche le esigenze di riforma morale del clero che attraversano la Chiesa cattolica ormai da secoli. La corruzione ecclesiastica e centrifuga viene fortemente limitata, anche se non eliminata. La comunità cattolica diviene più austera. La Compagnia di Gesù, fondata da Ignazio di Loyola, è il fiore all'occhiello della Santa Sede. Essa unisce alle doti di una rigida e austera condotta morale anche le doti di un attivismo intelligente e obbediente ai dettami del magistero papale. Anzi, proprio la Compagnia di Gesù rende evidenti le differenze inconciliabili tra Roma e Ginevra: a Roma la Chiesa visibile , invisibile e universale è fondata sul monopolio del magistero papale, a Ginevra non si accettano queste limitazioni.
Ma la Chiesa cattolica non si limita solo a irrobustire le proprie strutture interne, essa comprende che bisogna coinvolgere in qualche modo le masse contadine nella sua opera di ridefinizione spirituale e territoriale. Dalla metà del '500 e per tutto il 1600 gli ordini mendicanti sono impegnati in una vasta opera di attivizzazione delle masse contadine che passa anche attraverso l'assistenza morale e materiale data a quel proletariato contadino prima falcidiato dalla crisi inflazionistica del '500 e poi sterminato dal dilagare della pestilenza nel 1600. (Si ricordi il ruolo dei cappuccini e del cardinale Borromeo di manzoniana memoria che tante tracce lascia della sua opera assistenziale e assistenzialistica nelle province lombarde).
All'attivizzazione contadina a favore del verbo controriformistico contribuiscono anche l'uso sapiente e accorto del teatro e dell'architettura della magnificenza monumentale. Il teatro barocco rende partecipi le masse contadine del messaggio tridentino. Le scenografie barocche, la monumentalità classica, suscitano nelle masse contadine della controriforma un senso di "meraviglia" che non deve soltanto stupire il fedele, ma deve anche e soprattutto intimorirlo e renderlo "consapevole" dei suoi limiti contingenti e transitori rispetto alla infinita grandezza dell'assoluto divino il cui tramite terreno, unico e autorizzato, è appunto la Chiesa di Roma.
La guerra dei Trenta Anni segna le crisi delle forze congiunte della Spagna e del Papato, impegnate nel sogno di una impossibile "Reconquista" monarchica e cattolica. La frattura tra Europa cattolica ed Europa protestante diviene netta ed irreversibile e persiste ancora oggi, ma , contemporaneamente , si fa strada in Europa, proprio grazie ai massacri della guerra dei Trenta Anni , soprattutto all'interno del movimento protestante, una più intensa e profonda esigenza religiosa e razionale che sfocerà nella elaborazione, prima filosofica e poi politica , del concetto di "tolleranza".

L'Italia degli inizi del 1500 appare ancora florida dal punto di vista economico. Le sue corti rinascimentali cominciano ad accusare i primi colpi negativi dei radicali cambiamenti economico-finanziari, sociali e politici che sconvolgono l'Europa. La scoperta dell'America segna l'inizio dello spostamento dell'asse manifatturiero, commerciale e finanziario verso l'Atlantico. Venezia non riesce ad inserirsi in questo spostamento di interessi economici di portata storica. In Italia la Serenissima, una volta fallita la politica di espansione territoriale verso la terraferma, è costretta alla difensiva dalla coalizione delle principali potenze della penisola. Essa deve ormai combattere non solo contro l'impero l'Impero asburgico, ma anche contro i Turchi. Potenze europee, italiane e l'Impero turco impediscono a Venezia ogni possibilità di espansione territoriale in Italia o di espansione marittima nel Mediterraneo. D'altra parte i Portoghesi e gli Spagnoli scalzano i Veneziani dalle posizioni di primato commerciale acquisite nel bacino del Mediterraneo orientale. I concorrenti iberici della Serenissima ,attraverso la via delle Indie , scaricano tonnellate di spezie in Europa, rompendo il monopolio commerciale Veneziano.
I Portoghesi , a loro volta , si legano a filo doppio alla la finanza fiammingo-tedesca che sta dietro alle rischiose e costose intraprese mercantili iberiche. La potenza finanziaria fiammingo-tedesca sostiene e alimenta anche l'Impero asburgico di Carlo V: il continuo flusso di oro e argento dei galeoni spagnoli provenienti dalle lontane Americhe non basta a coprire il deficit imperiale che si accresce sempre di più grazie alle continue guerre cui è costretto l'Imperatore.
Nel frattempo gli Stati nazionali in Europa si consolidano grazie al duraturo e interessato sostegno della borghesia (vedi soprattutto la Francia).
Gli stati cittadini italiani si trasformano in Stati regionali, le Signorie, ma oltre non procedono. Gli Stati italiani bloccano Venezia, l'unica potenza italiana , capace di aspirare all'unificazione della penisola . La borghesia delle città italiane del Centro e del Nord non riesce a mettersi alla testa del processo di unificazione della penisola. Essa rimane corporativa: non riesce, cioè, ad andare oltre la miope difesa dei propri interessi ristretti di casta chiusa più che di classe sociale vera e propria, modernamente intesa. Il capitalismo della borghesia italiana è un capitalismo di rapina: rapina nei confronti del contado che rimarrà sempre ostile ai "signori", di rapina al suo interno (borghesia cittadina contro altra borghesia cittadina in una reciproca politica di rapacità militare, di vessazione e devastatrici spoliazioni e saccheggi).
La borghesia, già divisa, anzi dilaniata al suo interno da feroci interessi economici, non riesce a coalizzare intorno a sé il contado e tanto meno riesce a prendere il sopravvento in modo definitivo sui gruppi feudali e clericali. Finita la sanguinosa guerra dei Cento Anni, i concorrenti europei cominciano ad infliggere duri colpi alla preponderanza commerciale e manifatturiera italiana in Europa. Di fronte alla solida compattezza economica, sociale, politica, militare e territoriale degli Stati nazionali europei, l'Italia non può opporre che la dilacerante divisione corporativa della propria borghesia che , tra l'altro , finisce con l'immobilizzare gran parte dei suoi capitali in investimenti fondiari e monumentali. Dall'altra parte la nostra borghesia, arricchitasi in spericolate avventure mercantili e quindi sviluppatasi su basi economiche non molto solide, aspira ad una tranquillità economica che dia garanzia di stabilità ai suoi profitti ormai intaccati anche dai continui fallimenti delle banche fiorentine e genovesi legate a filo doppio alla politica economica da bancarotta della corona spagnola.
D'altra parte la stessa monarchia francese, forte della sua potenza politica e militare, spesso non restituisce i capitali prestati dai banchieri italiani.
Alle stesse sollevazioni del proletariato urbano delle manifatture (vedi tumulto dei Ciompi) la borghesia italiana risponde con la repressione più feroce. Il colpo di grazia al periodo di relativa indipendenza attraversato dall'Italia nel Rinascimento viene dato dalla stessa borghesia italiana , che per risolvere i propri problemi interni , chiama nella penisola Spagnoli e Francesi che ridurranno il nostro Paese a un campo di battaglia.
Il processo di feudalizzazione della borghesia italiana non conosce più limiti: il Papato e la Spagna appoggiano le nobili casate signorili che , a loro volta , ricambieranno nel momento del bisogno: durante il periodo della Riforma e della Controriforma le classi dirigenti borghesi feudalizzate degli Stati italiani rimarranno fedeli al Papato.